Gombasecká jaskyňa patrí medzi najvýznamnejšie jaskyne Národného parku Slovenský kras. Známa je najmä výskytom sintrových brčiek - tenkých trubicovitých stalaktitových útvarov. V rámci jaskýň Slovenského a Aggtelekského krasu je zaradená do Zoznamu Svetového prírodného dedičstva UNESCO. Vývojovo patrí Gombasecká jaskyňa medzi najmladšie slovenské jaskyne. Má však veľmi impozantnú výzdobu, ktorá pozostáva z rôzne sformovaného sintru, sfarbeného bohatou škálou farieb od bielej cez žltú až po okrovú. Jaskyňa má bohatú stalaktitovú výzdobu, najmä tenké snehobiele sklovité, až 3 m dlhé brčká, ktoré ostro kontrastujú s hnedočerveným podkladom vápencových stien.
Podzemné priestory vytvoril Čierny potok v dvoch vývojových stupňoch (poschodiach) pritekajúci zo Silickej ľadnice. Čierny potok preteká v súčasnosti spodnými časťami jaskyne a vystupuje pod vchodom do jaskyne. Veľmi vhodné mikroklimatické podmienky sú vhodné na teoretický i praktický výskum liečby chorôb dýchacích ciest.
